基于牡丹EST信息的滇牡丹SSR標記開發(fā)

摘要： 對NCBI(美國國立生物技術(shù)信息中心)中牡丹的ESTs(expressed sequence tags)的序列進行分析,結(jié)果表明:在所分析的2 204條序列中,僅324條分布有SSRs(simple sequence repeats),占全部ESTs序列的14.70%;SSR的出現(xiàn)頻率為15.20%,共計335個,其中,二核苷酸重復比例84.18%,三核苷酸重復比例為15.22%,四和六核苷酸重復比例為0.30%。在此基礎(chǔ)上,利用軟件(serafer 1.3)設計了51對備選SSR引物,以6個滇牡丹不同花色類群DNA為模板對引物進行篩選,其中,10對引物有擴增產(chǎn)物;用這些引物進一步在10個類群50個DNA模板進行多態(tài)性測試,結(jié)果顯示:上述10對SSR引物均有多態(tài)性,且同一類群內(nèi)不同模板DNA間也存在多態(tài)性。本研究結(jié)果證明:基于牡丹EST信息建立SSR標記是一種有效而可行的方法,有助于滇牡丹遺傳多樣性分析及基因組學方面的研究。 （共5頁）